Günümüzde Batı’nın seküler toplum bilgisinin ürettiği sosyal bilgi anlayışına bağlı kalınma adına Türkiye’de ve İslam dünyasında, dayatılan Batı’nın sosyal bilimlerinden hareketle özgün sosyal düşünce geliştirme zafiyeti oldukça yaygınlık kazanmıştır. Bu tür zafiyet, toplumun özgün değerlerini merkeze alarak dirilebilmesinin, gelişebilmesinin ve kalkınabilmesinin önünü tıkamaktadır.
Dolayısıyla Eyüp Sultan Sosyal Bilimler Enstitüsü, Batı uygarlığındaki seküler sosyal bilim anlayışına karşı, İslam’ın özgün sosyal bilim ve onun kavramsallaştırmaları çerçevesinden hareketle; medeniyet, zihniyet, siyaset, iktisat gibi temel sosyal bilim araçlarının Batı seküler zihniyetindeki anlamsal çerçevesine göre nasıl farklılıkları taşıyabildiğinin mukayeseli analizi yapılmak istemektedir.
Sözde insanilik üretiyormuş gibi görünen Batı medeniyetinin retoriğine tek taraflı açıklamalarını mutlak doğru gibi benimsettirici/benimseyici türden bilgi kirlenmesi ağına takılmamak için, İslami devlet anlayışının, İslam milleti bütünlüğünün bu süreçten zarar görmemesi için bu tür ve benzeri kavramları, kendi medeniyet ve zihniyet dünyamıza göre tarihsel, bilimsel, düşünsel muhtevalı sosyal bilim anlayışını geliştirmek gereği belirmektedir.
Eyüp Sultan Sosyal Bilimler Enstitüsü, bütün bir İslam ülkesinden düşünürlerin, akademisyenlerin, yazarların katılabileceği özgür bir araştırma / tartışma ortamı olmayı vaat etmektedir. Eyüp Sultan Sosyal Bilimler Enstitüsü’nün yürüteceği çalışmanın amacı, medeniyet-sosyal bilim ilişkisinin önemine, medeniyetlerin farklılıklar içerdiğine dikkat çekmek ve bu “farklılıkların” mevcut ve önemli olduklarının kavranmasına, bu yöndeki algının güçlenmesine belli bir ölçüde de olsa katkıda bulunmaktır. Toplumların sosyal karakterlerini yansıtan bilim anlayışının, medeniyetlerin özgünlüklerinden doğan sosyal bilim anlayışı olduğu, bu noktanın İslam toplumunun önümüzdeki dönemde İslam devleti olma idealine ulaşabilmesi bakımından önem arz ettiği düşünülmektedir.
Eyüp Sultan Sosyal Bilimler Enstitüsü, akademik dünyada ve düşünce alanında, ancak atalarımızdan tevarüs ettiğimiz böyle bir İslami duruşla, vahyi esas alan bir tavır alınması sonucu, söz konusu Batılı kuram ve kavramlara karşı tevhidi refleksin diri tutulabileceğini mümkün görmektedir. Bunun sağlanması ile de, hakim medeniyetin sosyal bilim anlayışına bağımlı olarak sadece onun konuşturmak istediklerini değil, özgün medeniyet, irfan ve zihniyet dünyamızı yansıtan sosyal bilim anlayışına göre konuşmak istediklerimizi, kendi anlam dünyamızın diliyle gerçekleştirilmesi muhtemel gözükmektedir. Eyüp Sultan Sosyal Bilimler Enstitüsü’nün bu amacının gerçekleşebilmesi için öncelikle çalışmalarda eleştirilen Batılı sosyal bilim anlayışının temel öncüllerine (paradigmalarına) değinilen açıklamalara gerek duyulmaktadır. Böylece bir yandan da bilimsel incelemelerdeki metodik yöntem açıklamaları yapılarak sosyal bilimlerin konuları derinleştirilmek istenmektedir.
Eyüp Sultan Sosyal Bilimler Enstitüsü’nün öncülüğünü yapacağı bu yaklaşım ve savunduğu İslami sosyal bilim anlayışı, Batı uygarlığının toplum görüşünün ve onun sosyal bilim anlayışının da, günümüzdeki yaşanan finans kapital krizini de, bu çerçevede değerlendirmeye yönlendirmesi amaçlanmaktadır.